Я чето ленивый стал, от мыслей о каждом варианте аж усталость чувствуется...
В принципе, наверное, классический вариант со скрином хорош как минимум удобством замены жарников
Докер\подман удобны простотой деплоя, хотя всё равно требуют немного запариться в начале
Итого, я бы просто выбрал то, что проще всего гоняется. Ибо я в принципе не допускаю мысли, что какая-то пакость из сервера будет в систему лезть, ну это просто недопустимое для продакшна поведение
Важно понимать, что всё таки это зависит ещё и от стека. Например, написать docker compose, связав актуальную версию MariaDB с сервером, было бы гораздо проще, чем устанавливать на хост базу данных, настраивать доступ к ней и так далее. Докер позволил бы установить статичный пароль через переменную окружения, а также открыл порт бд серверу, чтобы он мог подключиться. Точно так же, можно несколько серверов засунуть в одну подобную сеть - это может быть очень удобно, если немного приловчиться этим пользоваться
С другой стороны, такие же финты, вроде как, умеют делать панели типа птеродактеля и при этом дают более открытый интерфейс. Почему бы тогда не использовать панель? Я имею ввиду, развернуть её у себя
Итого, для каких-то простых серверов докер - оверкилл, чаще всего. А если речь о более-менее серьёзном стеке, когда у нас есть несколько серверов и база данных, то докер может быть гораздо проще. Не говоря уж о том, что он позволяет очень просто делать бэкапы и переносить на другой хост, а также не зависеть от версий пакетов в системе. Хочешь последнюю марию - встанет без небезопасного добавления сторонних репозиториев. Одной командой выключи бд и сервера, другой обнови бд и прочие приколы, третьей опять все запусти себе спокойно. Кайфы. Это гораздо лучше, чем прыгать по 5 скринам