В ItemsAdder есть возможность сделать так, чтобы файлы ресурспака нельзя было разархивировать стандартным способом. Отдельных программ для такого не видел.
Так или иначе, способа полностью защитить ресурспак от реверс-инжиниринга, наверное, ещё не изобрели.