Потому что floodgate делает для игроков с бедрока другой UUID (начинающийся с нулей) + символ в начале ника (например, "." или "_"). Можно использовать просто geyser, тогда игроки с багрока-джавы с одним ником будут считаться как один игрок, но некоторые плагины могут не считать игрока за бедроковского. Это критично, например, в античитах. Если этот символ убрать, а оставить floodgate, то будет одинаковый ник но разный UUID и это тоже критично: многие плагины могут неправильно это обрабатывать. Так что разделение аккаунтов это вынужденная мера. Кстати, в floodgate есть связывание аккаунтов, но это нужно настраивать (лучше почитайте в документации)