Самое главное: не писать всё в одном классе. Даже если плагин на 1 команду и 2-3 сообщения, лучше разделить команды, конфиг и функционал на разные классы. Названия классов - CamelCase (+ с большой буквы), названия пакетов с маленькой, понятные и (в идеале) не слишком длинные.
На подпакеты делят обычно по функционалу, например:
- Название всего пакета - com.example
- Классы с командами - com.example.command.Класс, автодополнение (tabcomplete) в com.example.command.complete.Класс
- Функциональные классы (например, для парсера цветов) - com.example.util.ColorUtils, конфиги в com.example.util.Config
- Слушатели событий - com.example.listner.Класс
(Это пример, называть можно как хочется)